Shopifyの手数料とは？決済手数料や消費税について、他社との比較も含めてご紹介！

監修者

藤井玲

アートトレーディング株式会社代表取締役。
2002年に楽天市場へ出店したことをきっかけに、EC支援サービスの提供をスタート。累計１５０社以上のサイト制作、運営経験を持つ。

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Shopifyで発生する手数料は大きく分けて2つ

Shopifyの手数料は複雑に見えますが、基本的には「決済手数料」と「振込（入金）に関する手数料」の2つに分けて理解すると整理しやすくなります。それぞれの仕組みと違いを詳しく解説します。

① 決済手数料とは（売上ごとに発生するコスト）

決済手数料とは、商品が売れた際に発生する手数料です。 クレジットカードや各種決済手段を利用した際に、その取引ごとに一定の割合が差し引かれます。

Shopifyでは、この決済手数料の仕組みが「どの決済方法を使うか」によって大きく変わるのが特徴です。

Shopifyペイメント利用時の手数料

Shopifyが提供する公式決済サービス「Shopifyペイメント」を利用する場合、シンプルな手数料体系になります。

主に利用できる決済方法は以下の通りです。

・クレジットカード（VISA / Master / JCB / Amex など）
・Google Pay
・Apple Pay

これらの決済はすべてShopify内で完結し、外部決済手数料がかからないのが大きなメリットです。

外部決済サービス併用時の手数料

Shopifyペイメントだけでは対応できない決済もあります。

例えば、
・コンビニ決済
・キャリア決済（docomo / au / SoftBank）
・銀行振込
・PayPayなど一部ウォレット決済

これらを導入する場合は、KOMOJUなどの外部決済サービスを併用する必要があります。

この場合の手数料は2重構造になります。

・外部決済サービスへの手数料
・Shopifyへの外部決済利用手数料（0.2%〜2%）

そのため、Shopifyペイメントのみを利用する場合と比べてコストは高くなりやすい点に注意が必要です。

② 振込手数料（入金に関するコスト）

Shopifyでは、売上は自動的に登録した銀行口座へ振り込まれます。

Shopifyペイメントを利用している場合、
Shopify側からの振込手数料は基本的に無料です。

ただし、以下の点には注意が必要です。

・銀行側での受取手数料が発生する場合がある
・入金タイミング（週次・月次）によって資金繰りに影響が出る

あくまで「Shopifyからの送金自体は無料」ですが、銀行条件によっては実質コストが発生するケースもあります。

Shopifyで発生する決済手数料

Shopifyにおいて最も重要なコストとなるのが「決済手数料」です。これは売上が発生するたびにかかるため、利益に直結する非常に重要な要素です。

特にShopifyでは、「Shopifyペイメントを使うか」「外部決済を併用するか」によって手数料構造が大きく変わります。

ここではまず、基本となるShopifyペイメントの手数料から詳しく見ていきましょう。

Shopifyペイメントを使う場合の手数料

Shopifyペイメントを導入すると、主要なクレジットカード（Visa、Mastercard、JCB、American Express）や、Apple PayやGoogle Payといったデジタルウォレットも一括で提供できるようになります。

中でも、クレジットカードのブランドや契約プランに応じて決済手数料が異なります。ここでは主なカード種別ごとに詳しく解説します。

国内クレジットカード（VISA / MasterCard）の手数料

国内で発行されたVISA・MasterCardでの決済は、もっとも基本となる手数料体系です。

プラン	手数料
Basic	3.55% + 0円 JPY
Grow	3.4% + 0円 JPY
Advanced	3.25% + 0円 JPY
Plus	2.9% + 0円 JPY

JCBカードの手数料

JCBカードについても、国内カードと同様の料率が適用されます。

プラン	手数料
Basic	3.55% + 0円 JPY
Grow	3.4% + 0円 JPY
Advanced	3.25% + 0円 JPY
Plus	2.9% + 0円 JPY

American Express（Amex）の手数料

Amexカードは他ブランドと比較してやや高めの手数料です。

プラン	手数料
Basic	3.9% + 0円 JPY
Grow	3.85% + 0円 JPY
Advanced	3.8% + 0円 JPY
Plus	3.75% + 0円 JPY

海外発行カードの手数料

海外カードもAmexと同様に高めの料率が設定されています。

プラン	手数料
Basic	3.9% + 0円 JPY
Grow	3.85% + 0円 JPY
Advanced	3.8% + 0円 JPY
Plus	3.75% + 0円 JPY

外部決済システムを使う場合の手数料

Shopifyでは、Shopifyペイメントで対応していない決済手段（コンビニ決済・キャリア決済・銀行振込など）を導入する場合、外部決済システムの利用が必要になります。

その場合、「Shopifyへの外部決済手数料」＋「外部決済サービス側の手数料」の二重コストが発生する点に注意が必要です。

Shopify側に発生する外部サービス取引手数料

Shopifyペイメントを利用せず外部決済を利用する場合、Shopify側に追加で取引手数料が発生します。

プラン	手数料
Basic	2%
Grow	1%
Advanced	0.6%
Plus	0.2%

この手数料は決済ごとに発生するため、外部決済の利用比率が高い場合は利益圧迫につながります。

KOMOJUを使う場合の手数料

KOMOJUでは、コンビニ決済・スマホ決済・銀行振込など幅広い決済手段に対応できます。

決済方法	手数料
コンビニ決済（セブン・ファミマ・ローソン等）	2.75%
PayPay / メルペイ / d払い / au PAY	3.5%〜
楽天ペイ	4.4%〜
Apple Pay	3.25%
銀行振込	1.4%

幅広い決済に対応できる一方、Shopify側の追加手数料と合わせてコストを考える必要があります。

SBペイメントサービスを使う場合の手数料

SBペイメントサービスは法人向けの決済サービスで、複数の費用項目で構成されています。

費用項目	内容
初期費用	導入時に発生する費用
月額費用	システム利用にかかる固定費
決済手数料	決済金額に応じて発生
決済サービス利用料	サービス提供に対する従量課金
トランザクション費	1件ごとの決済処理費用

費用構造が複雑なため、事前に総コストを試算することが重要です。

GMOイプシロンを使う場合の手数料

GMOイプシロンは、日本向け決済に強く、決済方法ごとに細かく料金が設定されています。

決済方法	手数料
コンビニ決済	150円〜 / 回 または 4%
PayPay	3.45%
後払い決済	4.0% + 252円 / 回
銀行振込（バーチャル口座）	20円 / 回
ネット銀行	78円 / 回 または 4%
ペイジー	3.5%（最低180円）
代引き	320円〜 / 回
キャリア決済	6.0%
口座振替	120円 / 件

コンビニ決済や後払いなど、日本市場に必要な決済を網羅できますが、固定費や最低手数料の影響も考慮する必要があります。

Shopifyの決済手数料には消費税は課税される?

Shopifyは海外事業者であるため、日本の消費税法上は原則として「国外取引」に該当し、非課税（不課税）の扱いとなります。

また、決済手数料は単なるサービス利用料ではなく、クレジットカード等の決済に伴う「金融取引に関連する手数料」として扱われるため、Shopifyの決済手数料を含む各種手数料には消費税は課税されません。

Shopifyの利用料にも消費税はかからない

手数料と同じく、日本でShopifyを利用する場合Shopifyは海外事業者扱いとなるため月額利用料にも消費税は課税されません。ただしすべての国と地域で非課税なわけでは無く、出店者がShopifyを利用している国と地域の政府によって定められている課税率に従った金額が請求されます。

【徹底比較】Shopifyと他カートシステムの手数料はどちらが安い？

ここまででShopifyの手数料構造を理解できたら、次に気になるのは「他のカートと比べて本当に安いのか」という点です。ECカートごとに料金体系は大きく異なるため、単純な比較では判断しにくいのが実情です。

そこで次のセクションでは、代表的なカートと比較しながら、Shopifyのコスト感を具体的に見ていきます。

ShopifyとBASEの手数料比較表

項目	Shopify（Basic）	Shopify（Grow）	Shopify（Advanced）	BASE（スタンダード）	BASE（グロース）
初期費用	0円	0円	0円	0円	0円
月額費用	4,850円	13,500円	58,500円	0円	16,580円
決済手数料	3.55%	3.4%	3.25%	3.6% + 40円	2.9%
サービス利用料	0円	0円	0円	3%	0円
実質手数料	約3.55%	約3.4%	約3.25%	約6.6% + 40円	約2.9%
外部決済手数料	2%	1%	0.6%	なし	なし

上記の通り、BASE（スタンダード）は月額無料で始められる一方、販売時の手数料が非常に高くなる設計です。一方でShopifyは月額費用が発生するものの、決済手数料が低く抑えられており、売上が伸びるほど有利になります。

また、BASEグロースプランは決済手数料自体は低いですが、月額費用が発生するため、一定以上の売上がないとメリットが出にくい点もポイントです。

そのため、

• 小規模・テスト販売 → BASE（スタンダード）
• 売上拡大・利益重視 → Shopify

というように、事業フェーズに応じて選ぶのが最も合理的です。

ShopifyとSTORESの手数料比較表

項目	Shopify（Basic）	Shopify（Grow）	Shopify（Advanced）	Shopify（Plus）	STORES（フリー）	STORES（スタンダード）
初期費用	0円	0円	0円	0円	0円	0円
月額費用	4,850円	13,500円	58,500円	368,000円〜	0円	3,300円
決済手数料（国内カード）	3.55%	3.4%	3.25%	2.9%	5.5%〜（ネットショップ）	3.6%〜（ネットショップ）
海外カード手数料	3.9%	3.85%	3.8%	3.75%	ー	ー
追加手数料（Shopifyペイメント利用時）	なし	なし	なし	なし	なし	なし
外部決済手数料	2%	1%	0.6%	0.2%	なし	なし
対面決済手数料	ー	ー	ー	ー	2.48%〜	1.98%〜

この比較から分かる通り、STORESはフリープランで月額0円から始められる点が大きなメリットですが、ネットショップの決済手数料は5.5%〜と高めに設定されています。

一方でShopifyは月額費用がかかるものの、決済手数料は3%前後と低く、特に売上が伸びるほど手数料負担を抑えやすい構造です。

そのため、

• 初期コストを抑えたい・小規模運用 → STORES（フリー）
• 売上拡大・利益重視 → Shopify

という選び方が最も合理的です。長期的に見ると、手数料の差がそのまま利益に直結するため、事業フェーズに応じた選択が重要です。

Shopifyとmakeshopの手数料比較表

項目	Shopify（Basic）	Shopify（Grow）	Shopify（Advanced）	Shopify（Plus）	makeshop（プレミアム）	makeshop（エンタープライズ）
初期費用	0円	0円	0円	0円	11,000円	11,000円〜
月額費用	4,850円	13,500円	58,500円	368,000円〜	（別途プラン費用あり）	（別途プラン費用あり）
決済手数料（国内カード）	3.55%	3.4%	3.25%	2.9%	3.19%	3.14%
決済月額費用	0円	0円	0円	0円	1,650円	0円
海外カード手数料	3.9%	3.85%	3.8%	3.75%	ー	ー
外部決済手数料	2%	1%	0.6%	0.2%	なし	なし

Shopifyとmakeshopを比較すると、決済手数料自体はどちらも3%前後で大きな差はありません。ただし、makeshopは初期費用や決済月額費用が発生する点が特徴です。

makeshopプレミアムプランでは、決済手数料3.19%に加えて月額1,650円の決済利用料がかかるため、売上規模によっては実質コストがやや高くなる可能性があります。一方、Shopifyは決済手数料のみで追加固定費がかからないため、シンプルな料金体系です。

また、Shopifyはプランが上がるほど手数料が下がるため、売上規模が大きくなるほどコストメリットが出やすい設計になっています。

そのため、

• 国内向け中心・機能重視 → makeshop
• コスト最適化・拡張性重視 → Shopify

という選び方が適しています。特に長期的に見ると、固定費と手数料のバランスが利益に大きく影響するため、自社の売上規模に合わせた選定が重要です。

Shopifyで決済手数料を抑えるためのポイント

Shopifyの決済手数料は一見すると固定に見えますが、実際には「決済方法の選び方」や「運用の仕方」によって大きく変わります。特に売上が伸びてくるほど、わずかな手数料差が利益に大きく影響するため、事前に最適な設計をしておくことが重要です。ここでは、Shopifyの決済手数料を効率的に抑えるための具体的なポイントを解説していきます。

Shopifyペイメントを優先的に利用する

決済手数料を抑えるうえで最も重要なのが、Shopify公式の決済サービスである「Shopifyペイメント」を利用することです。 Shopifyペイメントを使うことで、外部決済サービスを利用した際に発生する「追加の取引手数料（0.2%〜2%）」がかかりません。

そのため、クレジットカード・Apple Pay・Google Payなど、Shopifyペイメントでカバーできる決済はできるだけこちらに集約することで、無駄なコストを削減できます。

外部決済サービスの利用を最適化する

コンビニ決済やキャリア決済などを導入する場合、KOMOJUなどの外部決済サービスが必要になりますが、すべてを導入すると手数料が増加しやすくなります。

・本当に必要な決済手段だけを導入する
・利用率の低い決済は見直す

といった運用を行うことで、手数料の無駄を防ぐことができます。
特に、売上に対する利用比率を見ながら最適化することが重要です。

上位プランへ移行して手数料率を下げる

Shopifyはプランによって決済手数料が異なり、上位プランほど手数料率が低く設定されています。

例えば、
・Basic：3.55%
・Grow：3.4%
・Advanced：3.25%

このように、売上が増えてきたタイミングでプランを上げることで、トータルの手数料を抑えることが可能です。
月額費用とのバランスを見ながら、最適なタイミングで見直すことが重要です。

客単価を上げて手数料負担を相対的に下げる

決済手数料は売上に比例して発生するため、客単価を上げることで「1件あたりの利益」を伸ばし、手数料の影響を相対的に小さくすることができます。

・セット販売の導入
・まとめ買い施策
・送料無料ラインの調整

などを行うことで、同じ注文数でも利益を最大化でき、結果的に手数料の負担を軽減できます。

Shopifyでかかる振込手数料

決済手数料と並んで理解しておきたいのが「入金（振込）に関するコスト」です。Shopifyは他のカートと比べて振込周りの仕組みがシンプルで、手数料面でもメリットがあります。ただし、入金タイミングや銀行処理など、実務に関わる重要なポイントもあるため注意が必要です。ここでは、振込手数料の有無や入金サイクルについて詳しく解説していきます。

shopifyでは振込手数料がかからない

多くのECサイトプラットフォームでは、通常そのプラットフォーム上での売上金を自分の銀行口座に振り込む際に「入金手数料」または「振込手数料」というものが発生します。

しかしshopifyでは振込手数料は無料です。振込手数料が無料なため、商品の売上はShopify側が定めている入金サイクルに沿って自動的に登録している銀行口座に入金されます。

このことから売上振込申請はどの手間を省くことができます。加えて売上字体が少ないECサイトの方でも、手数料として引かれる金額が少なることでお得に利用することができます。

入金サイクルについて

Shopifyペイメントでは、入金のタイミングを「週ごと」または「月ごと」から選択できます。 自社のキャッシュフローや運営スタイルに合わせて柔軟に設定できるのが特徴です。

なお、日本の事業者の場合は「日次入金」は選択できず、週または月単位での入金となります。

入金頻度を変更しても手数料はかからない

入金スケジュールは後から変更することも可能で、変更による追加費用は発生しません。 そのため、事業の成長フェーズに応じて、

・資金繰りを優先したい → 週次入金
・管理をシンプルにしたい → 月次入金

といった形で柔軟に切り替えることができます。

月次入金の注意点（末日調整）

月ごとの入金を選択した場合、設定した日付が月末を超えるケースでは「その月の最終日」に自動調整されます。

例えば、
・毎月30日設定 → 2月は28日（または29日）に入金

このように調整されるため、入金が遅れることはなく、安定した資金管理が可能です。

入金反映までの銀行処理時間

Shopifyから送金が行われた後、実際に銀行口座へ反映されるまでには時間がかかります。

一般的には、
1〜3営業日程度で着金します。

そのため、実際の資金繰りを考える際は「入金日＋銀行処理時間」を考慮しておくことが重要です。

海外との違いと補足（入金タイミングのブレ）

一部の国（アメリカ・フランスなど）では複数の決済処理パートナーを経由するため、 ・予定より早く入金される ・1日に複数回入金される

といったケースもあります。

ただし、日本では基本的にスケジュール通りの入金となるため、大きくブレることはありません。

まとめ

Shopifyの手数料は、決済手数料と振込に関する仕組みを分けて理解することで、全体像がぐっと把握しやすくなります。特に重要なのは、Shopifyペイメントを利用するか、外部決済を併用するかでコストが大きく変わる点です。さらに、他カートと比較すると、Shopifyは売上拡大フェーズで手数料面の優位性が出やすいサービスといえます。手数料を正しく把握したうえで、自社に合った決済方法やプランを選ぶことが、利益を残せるEC運営につながります。